Theo đó, 6 bị can gồm: Trương Thanh Phong (72 tuổi, cựu Ủy viên HĐQT, Tổng Giám đốc Vinafood II); Trần Văn Vẹn (76 tuổi, cựu Chủ tịch HĐQT Vinafood II); Trần Bảy (65 tuổi, cựu Trưởng phòng Kế hoạch chiến lược Vinafood II, cựu Chủ tịch HĐQT Công ty Vĩnh Hội); Vũ Bá Vinh (66 tuổi, cựu ủy viên HĐQT kiêm Trưởng ban Kiểm soát Vinafood II); Trương Văn Húa (75 tuổi) và Trương Văn Ảnh (69 tuổi, cùng là cựu ủy viên HĐQT Vinafood II).
Theo tài liệu điều tra, Vinafood II tiền thân là Tổng công ty Lúa gạo miền Nam, có 100% vốn nhà nước. Công ty có trụ sở tại khu đất 132 Bến Vân Đồn, phường 6, quận 4 với diện tích hơn 7.890 m2, nguồn gốc là đất công được giao cho doanh nghiệp từ năm 1994. Sau đó, Vinafood II giao cho 2 công ty con là Công ty Sài Gòn Kho Vận và Công ty Hoàn Mỹ quản lý, sử dụng.
Năm 2001, Vinafood II đề xuất lập dự án xây dựng trung tâm thương mại kết hợp cao ốc văn phòng và nhà ở căn hộ cao tầng trên khu đất trên. Dự án đã được UBND thành phố và Bộ Tài chính chấp thuận chuyển đổi mục đích sử dụng đất.
Kết quả thẩm định cho thấy, giá trị quyền sử dụng khu đất trên là hơn 112 tỷ đồng. Đến tháng 8/2007, các bị can thuộc HĐQT Vinafood II đã chấp thuận vay ngân hàng 112 tỷ đồng để nộp tiền sử dụng đất vào ngân sách Nhà nước. Tháng 10/2007, Trương Thanh Phong ký tờ trình đề xuất và được HĐQT Vinafood II thống nhất thông qua thành lập công ty cổ phần để khai thác mặt bằng 132 Bến Vân Đồn.
Quá trình điều tra, Bộ Công an đã phong tỏa tài khoản hơn 7 tỷ đồng, kê biên 4 bất động sản của ông Phong, còn ông Vẹn tự nguyện nộp 2 tỷ đồng và bị kê biên 5 bất động sản.
Sau đó, Vinafood II cùng các công ty Sài Gòn Kho Vận, Hoàn Mỹ, Bất động sản Nguyễn Kim và Thái Sơn họp, thống nhất thành lập Công ty Vĩnh Hội để khai thác mặt bằng 132 Bến Vân Đồn. Tháng 5/2008, UBND TP.HCM cho phép Vinafood II chuyển mục đích sử dụng khu đất 132 Bến Vân Đồn để đầu tư xây dựng chung cư cao tầng kết hợp trung tâm thương mại và cao ốc văn phòng (20 tầng).
Ngày 16/7/2010, bị can Trần Bảy (người đại diện vốn Vinafood II tại Công ty Vĩnh Hội) đã ký tờ trình đề xuất Trương Thanh Phong ký hợp đồng góp vốn bằng quyền sử dụng đất giữa Vinafood II và Công ty Vĩnh Hội nhằm hợp thức hóa pháp nhân chủ đầu tư là Công ty Vĩnh Hội.
10 ngày sau, Trương Thanh Phong ký tờ trình đề xuất HĐQT Vinafood II chấp nhận việc chuyển quyền sử dụng khu đất 132 Bến Vân Đồn cho Công ty Vĩnh Hội. Cùng ngày, các bị can trong HĐQT Vinafood II cùng cho ý kiến đồng ý việc này.
Ngày 11/3/2011, Sở Tài nguyên và Môi trường TP.HCM xác nhận biến động, cấp mới giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với khu đất 132 Bến Vân Đồn cho Công ty Vĩnh Hội. Để có thể thoái vốn, Vinafood II đã bán số cổ phần tại Công ty Vĩnh Hội, thu được 45 tỷ đồng.
Tổng cộng, từ năm 2009 đến năm 2015, Công ty Nguyễn Kim đã mua 99,32% vốn điều lệ của Công ty Vĩnh Hội và bán cho Công ty Phú Mỹ Hưng. Đến nay, dự án thương mại trên thửa đất 132 Bến Vân Đồn đã được thực hiện và bán hết nhưng người mua vẫn chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu.
Quá trình điều tra xác định, bị can Trương Thanh Phong cùng các bị can tại Vinafood II không thực hiện dự án theo phương án được Bộ Tài chính phê duyệt; không lập hồ sơ tài sản, bỏ ngoài sổ sách khu đất; chấp thuận việc chuyển quyền sử dụng đất cho Công ty Vĩnh Hội.
Ông Vẹn bị cáo buộc đã ký công văn thành lập Công ty Vĩnh Hội. Sau khi Vinafood II được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, ông Vẹn tiếp tục ký công văn chấp thuận chuyển quyền sử dụng đất cho Công ty Vĩnh Hội theo giá ấn định từ năm 2007, không thẩm định giá, không đánh giá lại tài sản, trái với quy định pháp luật gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 113 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra ghi nhận, các bị can có một số tình tiết giảm nhẹ như thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác với cơ quan điều tra, có nhiều đóng góp cho xã hội, khắc phục một phần hậu quả. Ông Phong và ông Vẹn đều trên 70 tuổi, mắc nhiều bệnh.
