Ngày 27/10, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an cho biết đã ra quyết định khởi tố bị can, lệnh khám xét, ra lệnh bắt tạm giam 6 bị can, gồm: Dương Tuấn Minh - nguyên tổng giám đốc, Dương Thị Trâm Anh - nguyên phó tổng giám đốc, Nguyễn Thu Trang - nguyên phó phòng Đầu tư và quản lý đấu thầu Tổng Công ty Cửu Long và Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng, Đinh Thị Chung - cùng là nhân viên Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh.
Các bị can Dương Tuấn Minh, Dương Thị Trâm Anh và Nguyễn Thu Trang bị khởi tố về tội "vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", các bị can Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng, Đinh Thị Chung bị khởi tố về tội "vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo Bộ luật Hình sự 2015.
Cơ quan điều tra cũng khởi tố 3 bị can, gồm: Đinh Ngọc Hệ - tức "Út trọc", nguyên chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên tổng giám đốc Công ty Thái Sơn; Phạm Văn Diệt - giám đốc điều hành và Vũ Thị Hoan - tổng giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh về tội "vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo Bộ luật Hình sự 2015. Hiện 3 bị can này đang bị tạm giam trong vụ án khác.
Các bị can này bị khởi tố trong quá trình Bộ Công an điều tra vụ án "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" xảy ra tại Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Trước đó, ngày 26/12/2018, C03 đã bắt giam 5 cán bộ tại Công ty Cổ phần tập đoàn Yên Khánh với cáo buộc sử dụng phần mềm điện tử để giấu tiền thu phí tuyến cao tốc TP HCM - Trung Lương, trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách. Cơ quan điều tra xác định, ông Đinh Ngọc Hệ làm chủ Công ty Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh nhưng doanh nghiệp này không có vốn, không có cơ cấu tổ chức, nhân lực...; lập ra chỉ để ký hợp đồng liên doanh phục vụ cho mục đích cá nhân, kiếm lời.
Tháng 11/2018, ông Hệ bị TAND quân sự trung ương tuyên 12 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ và Sử dụng giấy tờ giả của cơ quan tổ chức.
Cao tốc TP.HCM - Trung Lương dài 62 km, thi công từ năm 2004 và đưa vào sử dụng năm 2010. Năm 2012, tuyến cao tốc này bắt đầu thu phí để hoàn vốn khoản 9.880 tỷ đồng Nhà nước đã ứng trước.
Để có ngay ngân sách đầu tư cho các dự án giao thông khác, từ đề xuất của chủ đầu tư dự án là Ban quản lý dự án Mỹ Thuận (nay là Tổng công ty đầu tư phát triển và quản lý hạ tầng giao thông Cửu Long), Chính phủ chấp thuận cho chủ đầu tư mở thầu đấu giá thu phí tuyến đường cao tốc này.
Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh sau đó đã trúng đấu giá 2.004 tỷ đồng và được quyền thu phí từ 1/1/2014 đến 31/12/2018. Theo hợp đồng, Tập đoàn Yên Khánh phải thanh toán 2.004 tỷ đồng trong 3 đợt diễn ra trước tháng 11/2014. Tuy nhiên, phải sau 15 đợt và đến 31/3/2017, phía Yên Khánh mới hoàn tất việc thanh toán.
Khi Tổng cục Đường bộ tiếp quản lại tuyến cao tốc này hồi đầu năm, Bộ Công an đã xác lập chuyên án đấu tranh với hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái phép của Công ty cổ phần tập đoàn Yên Khánh chi nhánh Long An để che giấu doanh số thu phí, trốn thuế ở các trạm thu phí trên cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Quá trình điều tra, cảnh sát bắt giữ 5 người liên quan gồm: Ngô Bá Thắng (Giám đốc chi nhánh Long An thuộc Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh), Trần Văn Miền (Phó Giám đốc chi nhánh Long An kiêm Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm, Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh), Tô Phước Hùng (Kế toán trưởng Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh), Nguyễn Thị Kim Huệ (Kế toán Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh) và Nguyễn Văn Hiền (Giám đốc Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi).
Các tài liệu, chứng cứ điện tử thu giữ trong quá trình khám xét cho thấy các bị can có hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật để trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách của Nhà nước.
