Theo thông cáo phát đi chiều ngày 8/7, từ ngày 2 - 4/7, Ủy ban Kiểm tra (UBKT) T.Ư đã họp kỳ 37 dưới sự chủ trì của Chủ nhiệm UBKT T.Ư Trần Cẩm Tú để xem xét, thi hành kỷ luật đối với ông Vũ Văn Ninh, nguyên Ủy viên T.Ư Đảng, nguyên Phó thủ tướng Chính phủ.
Cụ thể, UBKT T.Ư kết luận, trong thời gian giữ cương vị Phó thủ tướng Chính phủ (2011 - 2016), ông Ninh đã có vi phạm, khuyết điểm trong việc quyết định chủ trương thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại các cảng Quy Nhơn, Quảng Ninh trái với kết luận của Bộ Chính trị.
Trong thời gian chưa đầy 2 năm, nguyên Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh liên tục ký 3 văn bản để Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines) nắm giữ 75% vốn điều lệ của Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn, rồi bán hết phần vốn của Vinalines tại công ty này. Sau các văn bản trên, Công ty CP Đầu tư và Khoáng sản Hợp Thành (trụ sở tại TP Hà Nội) đã được chuyển nhượng 86,23% vốn điều lệ (348/404 tỉ đồng) của Công ty CP Cảng Quy Nhơn.
Bên cạnh đó, trong thời gian giữ cương vị Bí thư Ban Cán sự Đảng, Bộ trưởng Bộ Tài chính kiêm Chủ tịch Hội đồng quản lý Bảo hiểm xã hội VN (2006 - 2011), ông Ninh đã thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, để xảy ra vụ việc gây thiệt hại lớn tiền của nhà nước; nhiều cán bộ, đảng viên liên quan bị xử lý hình sự trong vụ án kinh tế Bảo hiểm xã hội VN cho Công ty cho thuê tài chính II (ALC II) vay tiền UBKT.
T.Ư đánh giá, những vi phạm của ông Ninh là nghiêm trọng, ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức Đảng và cá nhân. Do đó, UBKT T.Ư đề nghị Bộ Chính trị xem xét, thi hành kỷ luật đối với ông Ninh theo thẩm quyền.
Cảng Quy Nhơn được cổ phần hoá giai đoạn 2013-2015. Tháng 9/2018, Thanh tra Chính phủ kết luận nhiều đơn vị đã mắc vi phạm nghiêm trọng liên quan đến cổ phần hoá cảng này. Trong đó, Bộ Giao thông Vận tải đã đề nghị Thủ tướng cho phép Nhà nước nắm giữ 49% vốn điều lệ tại cảng Quy Nhơn, song sau đó Bộ lại tiếp tục đề nghị Thủ tướng cho phép Vinalines chuyển nhượng hết 49% vốn điều lệ, là không đúng với đề án tái cơ cấu doanh nghiệp.
Văn phòng Chính phủ đã tham mưu cho Thủ tướng ban hành văn bản về cổ phần hóa cảng Quy Nhơn, tỷ lệ vốn do Nhà nước nắm giữ là 49% vốn điều lệ. Dù Bộ Giao thông Vận tải đề nghị tiếp tục bán hết 49% vốn nhà nước với những lý do thiếu căn cứ nhưng Văn phòng Chính phủ đã đồng thuận trình Phó thủ tướng cho bán hết 49% vốn nhà nước...
Tháng 5/2019, Vinalines nhận lại cổ phần cảng Quy Nhơn sau vụ sai phạm cổ phần hóa.