Ngày 25/11, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao ban hành cáo trạng truy tố Nguyễn Đăng Thuyết - Giám đốc Công ty TNHH Thành An Hà Nội và 37 bị can khác liên quan đến vụ án mua bán hóa đơn, vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Công ty TNHH Thành An Hà Nội, Công ty TNHH thiết bị y tế Danh, Công ty TNHH thiết bị y tế Tràng Thi và các đơn vị khác có liên quan.
Cụ thể, 6 người bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", bao gồm: Nguyễn Đăng Thuyết – Giám đốc Công ty TNHH Thành An Hà Nội (đang bỏ trốn), Nguyễn Nhật Linh – Phó Tổng Giám đốc và là vợ của bị can Thuyết (đang bỏ trốn), Nguyễn Thị Hòa - Giám sát kế toán Công ty TNHH Thành An Hà Nội (đang bỏ trốn), Đỗ Thị Hoa - Kế toán trưởng Công ty TNHH Thành An Hà Nội, Nguyễn Quý Khái – Giám đốc Công ty thiết bị y tế Danh và Bùi Thị Mai Hương - Kế toán trưởng Công ty thiết bị y tế Danh. 32 người còn lại bị truy tố về tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước".
Theo cáo trạng, từ năm 2017-2022, với mục đích che giấu lợi nhuận thực tế nhằm thu lợi bất chính, Nguyễn Đăng Thuyết cùng vợ là Nguyễn Nhật Linh chỉ đạo các nhân viên lập, sử dụng 2 hệ thống sổ kế toán tài chính trong một kỳ kế toán nhằm khai gian số liệu các khoản thu, chi; lập báo cáo tài chính không đúng thực tế kết quả kinh doanh; ký hợp đồng mua bán hàng khống, mua hóa đơn đầu vào của 110 công ty, hộ kinh doanh cá thể để hạch toán tăng giá vốn hàng hóa, tăng chi phí, giảm lợi nhuận.
Nguyễn Đăng Thuyết được xác định trực tiếp điều hành ba công ty Thành An Hà Nội, Danh và Tràng Thi. Bị can Thuyết đã chỉ đạo các bị can Nguyễn Quý Khái, Đỗ Thị Hoa, Bùi Thị Mai Hương, Nguyễn Thị Hòa lập, sử dụng 2 hệ thống sổ kế toán trên phần mềm FAST để theo dõi hoạt động của ba công ty trên.
Bị can Thuyết yêu cầu đại diện các công ty ủy quyền cho mình được ký chủ tài khoản trên các chứng từ ngân hàng của ba công ty để kiểm soát dòng tiền thu. Sau đó, Thuyết giao cho vợ ký chủ tài khoản.
Về phía các nhân viên, bị can Đỗ Thị Hoa thực hiện kiểm soát toàn bộ hoạt động thu chi thực tế, kê khai thuế của 3 công ty; Nguyễn Thị Hòa lập kế hoạch dự tính số tiền thuế phải nộp trong năm để báo cáo; Bùi Thị Mai Hương thực hiện nhập số liệu kinh doanh đã được duyệt để kê khai báo cáo cơ quan thuế và tổng hợp, lập báo cáo tài chính của 3 công ty.
Bị can Thuyết giao cho Hương và Hòa quản lý chữ ký số (Token) để làm báo cáo thuế và xuất hóa đơn điện tử.
Cơ quan điều tra xác định, từ năm 2017 đến 2022, công ty Thành An Hà Nội, Danh, Tràng Thi đã sử dụng 19.167 số hóa đơn khống để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) hàng hóa dịch vụ mua vào, từ đó làm giảm tiền thuế GTGT phải nộp, gây thiệt hại cho ngân sách hơn 62 tỷ đồng.
Về thuế thu nhập doanh nghiệp, 3 doanh nghiệp nói trên đã dùng hóa đơn khống, không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo được mua từ các công ty và của các hộ kinh doanh để hạch toán kế toán khi làm báo cáo tài chính, hạch toán chi phí xác định số thuế phải nộp, gây thiệt hại hơn 680 tỷ đồng.
Như vậy, tổng số tiền ngân sách bị thiệt hại trong vụ án là 743 tỷ đồng.