Theo đó CQĐT đề nghị truy tố 34 bị can về nhiều tội như: “Nhận hối lộ”, “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, “Vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới”, “Buôn lậu”, “Sản xuất, buôn bán hàng giả” và “Sử dụng con dấu hoặc tài liệu giả của cơ quan tổ chức”.
Đáng chú ý, bị can Nguyễn Vũ Bảo Hoàng (cựu Tổng giám đốc Công ty Nhà Thủ Đức) Nguyễn Ngọc Trường Chinh (cựu phó Tổng giám đốc), Quan Minh Tuấn (cựu Trưởng phòng Kế toán ngân quỹ) và Nguyễn Thị Bích Ngọc (cựu Trưởng phòng kinh doanh) bị đề nghị truy tố về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản.
Có 3 bị can là cán bộ các chi cục thuế tại Tp.HCM bị đề nghị truy tố về tội nhận hối lộ, gồm: Đào Thị Nga, cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 1; Nguyễn Phương Nam, cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 3; Ngô Huỳnh Lũy, cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 5.
Riêng Trịnh Tiến Dũng đã bỏ trốn, Bộ Công an đã ra quyết định truy nã và thông báo truy nã quốc tế Interpol.
Theo kết luận điều tra, từ năm 2016-2020, Trịnh Tiến Dũng được xác định là chủ mưu khi chỉ đạo các đối tượng tại Việt Nam và nước ngoài sử dụng chứng minh nhân dân giả để thành lập hàng trăm doanh nghiệp ở Việt Nam, ký giả chữ ký Giám đốc để mở tài khoản ngân hàng, lập hợp đồng mua bán, xuất nhập khẩu CD Rom chứa phần mềm và linh kiện điện tử (hàng giả, hàng nhái, hàng đã qua sử dụng..) với các công ty nước ngoài (tại Mỹ, Campuchia, Singapore, Malaysia...).
Dũng còn sử dụng nhiều công ty mở tờ khai làm thủ tục nhập khẩu linh kiện điện tử và các loại hàng hoá khác từ các nước về Việt Nam.
Ngoài ra, Dũng và Lưu Thị Ngát (giám đốc Công ty Khánh Hưng) thành lập và sử dụng 16 công ty "ma" xuất hóa đơn GTGT khống để hợp thức hóa đầu vào cho Công ty Sài Gòn Tây Nam, Thuduc House, Công ty Hoàng Nam Anh để các công ty này xuất khẩu và hoàn thuế GTGT.
Khi tiền hàng và 10% tiền thuế GTGT được chuyển vào tài khoản của 16 công ty "ma", Dũng chỉ đạo nhân viên rút tiền rồi làm thủ tục kê khai khống hóa đầu vào để các công ty khác được khấu trừ, không phải nộp khoảng 9,9% tiền thuế.
Ngát đã móc nối, đưa hối lộ cho cán bộ chi cục thuế quận 1, quận 3 và quận 5 để các công ty "ma" hoạt động bán hoá đơn GTGT, kê khai khống hàng hoá đầu vào để được khấu trừ thuế.
Kết luận điều tra cho thấy các bị can đã lừa đảo, chiếm đoạt của nhà nước hơn 538 tỷ đồng tiền thuế GTGT; vận chuyển trái phép 51.675.638,9 USD (tương đương 1.205 tỷ đồng) từ Việt Nam ra nước ngoài và 22.731.686,6 USD (tương đương 528 tỷ đồng) từ nước ngoài về Việt Nam; buôn lậu hàng hóa trị giá 2,8 tỷ đồng; nhận hối lộ 7,4 tỷ đồng; sản xuất, buôn bán hàng giả trị giá 986 tỷ đồng...
